主線劇情：

“喂，小孩，小心草叢！”這個聲音的主人是大木博士。
正當少年R要獨自出村，博士把他叫住了，并告知草叢里棲息著著野生的精靈，除非上邊帶著自己的精靈，不然會很危險……然后將少年帶到了他的研究所。
故事就這么拉開了序幕，玩家所扮演的角色就是名叫R的少年(當然你也可以自己取名字),住在真新鎮(zhèn)（マサラ）。隨著博士到達研究所，同時遇上了博士的孫子，名字叫小茂的少年(當然也可以自己取名字，就起你的仇人的名字吧)。博士讓你在他所擁有的三只精靈中任選一只相贈（三只精靈分別為：小火龍、杰尼龜、和妙蛙種子，均能有兩次進化），選個你喜歡的吧。挑好后，小茂也選了一只（在屬性上克你的），并向我提出挑戰(zhàn)。作為開盤戰(zhàn)，不是很難，就當先試試戰(zhàn)斗系統(tǒng)吧。而后他離開，但這只是開場白，以后他有的煩你了。
辭別了博士，可以離鎮(zhèn)了。果然如博士所言，草叢里確實藏有不少精靈，好好練一下級吧。很快便來到了常磐市（トキヮ），在商店里，從店主手里得到郵件。連忙趕回研究所將它交給博士，博士就會給你圖鑒，于是菜單中多出一項圖鑒，這意味著可以開始著手收集精靈的工作了。順便再去一趟鄰居小茂的家，拿到小鎮(zhèn)地圖（注意：此時不拿的話，以后就再不能拿了），可以正式出發(fā)了。
一路向北行進，一間大屋擋住了去路，只有通過常青森林才能找到出路。在森林里會首次遇上精靈訓練師這種身份的人，而與之交戰(zhàn)是可以得到經(jīng)驗值和金錢，而且精靈通過獲取經(jīng)驗值才能升級和進化，所以千萬不要錯過。另外，這個森林有皮卡丘，喜歡的朋友就更不能錯過哦^_^
走出了森林，發(fā)現(xiàn)已來到了日比市（ニビ）。這里建有一座博物館，只要花50元就可以進去大開眼界一番。另外還有一間屋子標有GYM的記號，這就是道館（道館地圖如圖）。這里是訓練家小剛，進去打敗他，得到徽章的同時還得到34號技能機以示鼓勵。之后和這個人（如圖）說話，會給你跑鞋（按B可快跑）。此時市右的道路可以通行了，來到觀月山下。洞門口有一間PC內會遇上一個賣鯉魚王的，雖然以后可以通過其他方法得到，但人養(yǎng)的要比野生的長得快，但要多花500元，這是傳說中的鯉魚王，當前素質極差，攻擊力不過10，但至20級后進化為暴鯉龍，攻擊力非常強。
來至洞內，一方面戰(zhàn)斗，一方面前進，雖有點累但收獲不小。途中所得各寶物中有一個名為月之石的道具，能使某些精靈立即進化。在打敗這里的考古學家后，他會讓你從他身后兩塊古代物種化石（左面是鐮刀盔，右面是菊石獸）中選一塊。出了山洞，便是華藍市（ハナダ）。不出所料，第二位首領小霞在此，上門去好好請教一番吧，打敗后得到藍色徽章（道館地圖如圖）。市里開有一間自行車商店，不過絕對是買不起的，自行車得到的方法下文有述。沿著華藍市一路北上，遇到了久違的小茂，不免又要“大動干戈”一番。這一路上還有許多訓練師，打敗他們后可以得到不少的經(jīng)驗值。過橋后來到海角的小屋（みさきのこゃ），見到了變成成怪物模樣的正輝（マサキ）。交談中得知他已造好一架機器來使他恢復人形。答應幫助他后（在電腦上按一下A），正輝成功地恢復人形走了出來。為表感謝，他送給你一張船票（很重要的道具），離開后回到華藍市（ハナダ），發(fā)現(xiàn)右面屋門口的警衛(wèi)讓開了路，進去一看，屋內是一片狼籍。詢問了主人后得知有一人來搗亂，而且又打破了墻逃走了。穿過那個墻洞，在屋后發(fā)現(xiàn)了一個形跡可疑的人，未談幾句就露出了真面目，于是教訓了他，并從他身上“搜”出了28號技能機器。 一路往南看到了兩間屋子，不過通往黃金市（ャマブキ）的路已被封鎖，只能向下走，途經(jīng)一飼育屋，里面有人幫你照顧精靈，但是不能繁殖……穿過右面的隧道，再經(jīng)過一大片草地，到達枯葉村（クチバ）。村里某間屋內可得到對換券（ひきかぇけん），若回到華藍市，向自行車店老板出示的話，會得到一部嶄新的自行車，這樣走路就省力多了。而村里另一間屋內則會得到釣桿，作用不用多說，使用方法則是現(xiàn)對水域使用道具“釣桿”。村里有一個港口，這下船票可以派上用場了。出示船票后來到一條豪華的游船上。船艙內的旅客有相當數(shù)量是精靈訓練師，小心應付。如精靈的體力不足，可在入口右邊數(shù)起第二個房間里恢復體力，另外在廚房的垃圾筒里可以找到三顆果實。在船長室門前的通道內再次碰到小茂，戰(zhàn)斗結束后再去找船長。耐心聽完他一番話后，很高興地把他珍藏已久的01號秘傳機器（切樹）交給我。離開船上岸，船起航了。將此秘傳機器給精靈裝備上，便擁有了切樹的能力。還記得村里有間GYM屋么，現(xiàn)在可以進去了。調查里面的垃圾筒，連續(xù)兩個不同聲音，就能把門的開關打開。這里的首領是用雷電系的精靈，打敗他就得到徽章（道館地圖如圖）。由于擁有切樹能力，可去的地方很多。先去村右的地鼠山洞（ディグダのあな），穿過山洞發(fā)現(xiàn)有一小屋，若目前精靈圖鑒擁有種類已達10種，便可從屋內人處得到05號密傳機器（閃光）。再回到華藍市，往右走，一路經(jīng)過9號，10號路來到巖間隧道（イワャマトンネル）。洞內一片漆黑，那就來光吧。使用閃光，果然一片光明，視野也開闊多了，略費周折就可以出洞，到了紫苑鎮(zhèn)。村民為悼念亡靈建造了一座ポケモン塔，現(xiàn)在由于無法使阻路的精靈現(xiàn)形，所以建議先不要急著上去。 從西面離開紫苑鎮(zhèn)，在8號路發(fā)現(xiàn)了另一條地道（ちかつぅろ），并且通往玉蟲市（タマムシ）。沿地道到達該市，此處有一間百貨公司，可以購得許多重要道具，切記到樓頂去買飲料！三種都買，然后跟頂樓的人講話，就會給你三不同的種技能機。另外注意一下百貨大樓旁邊的大廈，這棟大廈有后門，走后門進去到頂層可拿到NO.133伊布，使用水之石，雷之石，炎之石可以分別進化成三種精靈。拿到伊布后，再從前門進去，和里面的一位老奶奶對話，她就會給你一杯茶（非拿不可，否則劇情無法進行）。在PC下方的一間餐店，進去后和一個客人對話可以得到硬幣盒，用于存放游戲代幣，才可以到游戲中心玩小游戲。進入游戲中心，在柜臺旁看到一名正在看墻上的畫的精靈訓練師。過去和他對話，就會發(fā)生戰(zhàn)斗，打敗他，他會逃跑。調查墻上那幅畫，發(fā)現(xiàn)是個隱密的機關，開動后出現(xiàn)了一條通往地下的階梯。順著階梯而下，打敗多位訓練師，最后在地下4層打敗一位精靈訓練師后再仔細盤問他，會乖乖地交出一把電梯鑰匙（ェレベ—タのカギ）。來到電梯內，選擇目的地地下4樓，出來后打敗門衛(wèi)，就見到了頭目。一番較量之后，他會交出透視眼鏡（シルフスコ—プ）。從秘密基地出來后，到GYM去挑戰(zhàn)第4位首領吧（道館地圖如圖）。這里的訓練師用草系精靈，打敗首領后得到徽章。之后趕快回紫苑鎮(zhèn)，上精靈塔（ポケモン），在塔2樓又遇到了你的對手小茂，他又向你挑戰(zhàn)……五樓有個可讓精靈恢復體力的地方, 由于有了透視眼鏡，樓頂?shù)哪莻€神秘的精靈就無所遁形，原來是嘎拉嘎拉（Lv30）。打敗它之后救出一老人，與其交談后回到他家中，為了答謝，會給你笛子（ポケモンのふえ），可喚醒沉睡的NO.143卡比獸(只有兩只)。不過笛子也可以在精靈戰(zhàn)斗中被催眠時使用，可喚醒它們。 離開紫苑鎮(zhèn)向南走，一只貪睡的卡比獸躺在地上擋住去路，用笛子去吹醒它，這下它醒了，可也生氣了，免不了亂斗一陣，順便也收復它吧。
之后在路上一小屋內又得到一支好釣桿（すごぃっりざわ），比以前那把好用多了。一路來到石竹市（セキチク），第5位首領在此“恭侯多時”了。另外在GYM屋內有一個看不見的結界，只有沿緊靠右墻的路從他背后繞過去才能與之交戰(zhàn)（道館地圖如圖，已把看不見的墻標出）。如果擁有的ポケモン數(shù)量已達50種，則可去市外屋內二樓，會得到一寶物學習裝置（かくしゅうそうち）。另外這里有狩獵場，花500塊錢買入30個狩獵球（サファリボ－ル）去狩獵吧（600步限制）。這里的怪物都不錯，值得一提的是水池里的迷你龍（ミニリェウ）別看現(xiàn)在弱得像“傻瓜”，待兩次進化后包管你大吃一驚，絕對值得培養(yǎng)。還有不少其他精靈，是別處絕對沒有的，用心捕捉，捕捉時共4項指令，其中エサ是喂餌，ぃし是拿石頭砸，對不同怪物必須采取不同手段才能順利捕到（例如迷你龍就得先喂一次餌再捕捉，包管手到擒來）。在狩獵區(qū)內找到一副金假牙（きんのぃれぼ），出來后把他交給PC右側屋內的老爺爺，他會很感激地把04號秘傳機器（かぃりき）交給你（作用：推動巨石），另外還能在狩獵場里拿到03號秘傳機器（なみのり：沖浪）。在拿秘傳機器04的屋子旁邊那個屋子，可得到超級釣竿。